Video: Wie werden Contigs zu Gerüsten montiert?
2024 Autor: Miles Stephen | [email protected]. Zuletzt bearbeitet: 2023-12-15 23:32
Bei der Erstellung eines Draft-Genoms werden zuerst einzelne DNA-Lesungen durchgeführt zu Contigs zusammengestellt , die aufgrund ihrer Montage , Lücken dazwischen haben. Der nächste Schritt ist zu dann überbrücken Sie die Lücken zwischen diesen contigs zu ein … kreieren Gerüst . Dies kann entweder durch optisches Mapping oder Mate-Paar-Sequenzierung erfolgen.
In ähnlicher Weise können Sie sich fragen, was sind Contigs und Scaffolds?
EIN Gerüst ist ein Teil der Genomsequenz, die aus endsequenzierten Shotgun-Klonen des ganzen Genoms rekonstruiert wurde. Gerüste bestehen aus contigs und Lücken. EIN contig ist eine zusammenhängende Länge einer genomischen Sequenz, in der die Reihenfolge der Basen mit einem hohen Vertrauensniveau bekannt ist. In manchen Fällen, Gerüste überlappen können.
Und was sind Contigs in der Bioinformatik? EIN contig (von zusammenhängend) ist ein Satz überlappender DNA-Segmente, die zusammen eine Konsensus-Region der DNA darstellen. Contigs kann sich somit je nach Kontext sowohl auf überlappende DNA-Sequenzen als auch auf überlappende physikalische Segmente (Fragmente) beziehen, die in Klonen enthalten sind.
Wie werden in diesem Zusammenhang Contigs zusammengesetzt?
Der Satz der überlappenden DNA-Sequenz von DNA-Fragmenten ist als a. bekannt contig . Contig Mapping ist ein Prozess, bei dem überlappende Klone gebaut diese Überlappung zu sequenzieren. Dies beinhaltet die Anordnung der contigs in Ordnung und Orientierung. Klon contigs kann automatisch sein gebaut unter Verwendung ihrer BAC-Endsequenzen.
Warum sind Contigs wichtig?
Contig Montage ist ein wichtig Schritt in der Genommontage. Zur Kartierung werden überlappende Klone zusammengesetzt, um diese überlappende Sequenz zu sequenzieren. Jedes Fragment wird in einen Vektor kloniert und von beiden Enden sequenziert, um eine Sequenzlänge von ungefähr 600–700 bp zu erzeugen. Die Sequenz von beiden Enden des DNA-Fragments wird als Paarende bezeichnet.
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